Bootstrap for internal validation of cox model

[Leandro Blas]

Hi, I am trying to make internal validation of a cox PH model using bootstrap, and also a time dependent ROC and I do not know how to do it. Can anyone kindly help me?
This is how I set the model and a extract of the data.

stset Followup, failure (survival=0)
stcox RM2 i.ISUP psa12 LYM

* Example generated by -dataex-. To install: ssc install dataex
clear
input byte survival double Followup float(ISUP psa12) long(LYM RM2) byte(_st _d) double _t byte _t0
1 135.93333333333334 1 .003 0 0 1 0 135.93333333333334 0
1  78.23333333333333 1 .003 0 0 1 0  78.23333333333333 0
1                 32 1 .003 0 0 1 0                 32 0
1               38.1 1 .008 0 0 1 0               38.1 0
1 137.03333333333333 1 .003 0 0 1 0 137.03333333333333 0
1  44.63333333333333 1 .003 0 0 1 0  44.63333333333333 0
1 34.833333333333336 1 .003 0 0 1 0 34.833333333333336 0
0                 27 1  .06 0 1 1 1                 27 0
1 24.333333333333332 1 .008 0 0 1 0 24.333333333333332 0
1  5.766666666666667 5 .003 0 1 1 0  5.766666666666667 0
1              127.8 1 .003 0 0 1 0              127.8 0
1 133.53333333333333 1  .17 0 1 1 0 133.53333333333333 0
1  8.533333333333333 1 .003 0 1 1 0  8.533333333333333 0
1 3.6666666666666665 5 .003 0 1 1 0 3.6666666666666665 0
0                  0 5   .3 0 1 0 .                  . .
1 131.13333333333333 1 .007 0 0 1 0 131.13333333333333 0
1  37.96666666666667 5 .008 0 0 1 0  37.96666666666667 0
1  79.26666666666667 5 .009 0 0 1 0  79.26666666666667 0
1 101.86666666666666 1 .002 0 0 1 0 101.86666666666666 0
1  9.966666666666667 1 .004 0 1 1 0  9.966666666666667 0
1 20.933333333333334 5 .008 0 0 1 0 20.933333333333334 0
1  63.53333333333333 1 .002 0 0 1 0  63.53333333333333 0
0                  0 5    . 1 0 0 .                  . .
0 13.666666666666666 5   .3 0 0 1 1 13.666666666666666 0
0                  0 5    . 0 0 0 .                  . .
1               15.3 1 .004 0 0 1 0               15.3 0
1              120.1 5 .005 0 0 1 0              120.1 0
1 11.333333333333334 5 .004 0 0 1 0 11.333333333333334 0
1                3.9 1 .008 0 0 1 0                3.9 0
1               49.9 5 .003 0 0 1 0               49.9 0
1 55.333333333333336 5 .009 0 0 1 0 55.333333333333336 0
1                5.3 1  .19 0 1 1 0                5.3 0
0                9.7 5  .06 0 0 1 1                9.7 0
1 12.633333333333333 5 .006 0 1 1 0 12.633333333333333 0
0               25.8 5 .156 0 0 1 1               25.8 0
1 120.06666666666666 5 .004 0 0 1 0 120.06666666666666 0
1 22.066666666666666 1 .004 0 0 1 0 22.066666666666666 0
1 58.233333333333334 1 .003 0 0 1 0 58.233333333333334 0
1               13.2 1  .06 0 0 1 0               13.2 0
0  95.23333333333333 1 .012 0 0 1 1  95.23333333333333 0
1  55.43333333333333 5 .002 0 0 1 0  55.43333333333333 0
0 20.433333333333334 5  .14 1 0 1 1 20.433333333333334 0
1                3.9 5 .006 0 1 1 0                3.9 0
1               90.6 1 .003 0 0 1 0               90.6 0
0  87.16666666666667 5 .008 0 0 1 1  87.16666666666667 0
0  4.366666666666666 1 .008 0 0 1 1  4.366666666666666 0
1  65.23333333333333 1 .009 0 0 1 0  65.23333333333333 0
1  50.06666666666667 5 .003 0 0 1 0  50.06666666666667 0
1  59.03333333333333 1 .003 0 0 1 0  59.03333333333333 0
1  73.23333333333333 5 .008 0 0 1 0  73.23333333333333 0
1 118.43333333333334 1 .113 0 1 1 0 118.43333333333334 0
1                4.3 . .008 . . 1 0                4.3 0
1  53.96666666666667 1 .008 0 1 1 0  53.96666666666667 0
1  51.46666666666667 1 .008 0 0 1 0  51.46666666666667 0
0 53.733333333333334 5 .008 0 0 1 1 53.733333333333334 0
1  50.06666666666667 1 .003 0 0 1 0  50.06666666666667 0
1                4.6 1  .15 0 1 1 0                4.6 0
1 17.866666666666667 5 .008 0 0 1 0 17.866666666666667 0
0 22.266666666666666 1   .1 0 1 1 1 22.266666666666666 0
1 49.833333333333336 1 .009 0 0 1 0 49.833333333333336 0
1               59.1 1 .009 0 0 1 0               59.1 0
1               48.9 1 .009 0 0 1 0               48.9 0
1               10.1 1 .008 0 0 1 0               10.1 0
1               13.6 1 .008 0 0 1 0               13.6 0
0               29.7 5 .029 0 0 1 1               29.7 0
1  4.066666666666666 1 .008 0 1 1 0  4.066666666666666 0
1               16.1 1 .008 0 0 1 0               16.1 0
1  59.56666666666667 1 .009 0 0 1 0  59.56666666666667 0
1 115.86666666666666 1  .02 0 0 1 0 115.86666666666666 0
0 16.866666666666667 4 .018 0 1 1 1 16.866666666666667 0
1  66.33333333333333 1 .009 0 0 1 0  66.33333333333333 0
1              114.1 1 .009 0 . 1 0              114.1 0
0 10.133333333333333 5   .3 0 0 1 1 10.133333333333333 0
1 54.266666666666666 1 .009 0 0 1 0 54.266666666666666 0
1  70.26666666666667 1 .006 0 0 1 0  70.26666666666667 0
0 17.866666666666667 5 .015 1 1 1 1 17.866666666666667 0
1 18.433333333333334 1 .008 0 0 1 0 18.433333333333334 0
1 18.433333333333334 1 .012 0 0 1 0 18.433333333333334 0
1 14.533333333333333 1 .012 0 1 1 0 14.533333333333333 0
1  52.63333333333333 1 .003 0 0 1 0  52.63333333333333 0
1                4.6 1 .008 0 0 1 0                4.6 0
1               26.6 1 .003 0 0 1 0               26.6 0
1               20.3 1 .008 0 0 1 0               20.3 0
1 13.666666666666666 1 .013 0 0 1 0 13.666666666666666 0
1 24.666666666666668 5  .01 1 0 1 0 24.666666666666668 0
0 23.466666666666665 5  .18 0 0 1 1 23.466666666666665 0
1  51.63333333333333 5 .009 0 0 1 0  51.63333333333333 0
1 14.133333333333333 1 .008 0 1 1 0 14.133333333333333 0
1  4.133333333333334 1 .008 0 0 1 0  4.133333333333334 0
1  80.53333333333333 1 .008 0 0 1 0  80.53333333333333 0
1  91.46666666666667 5 .003 0 0 1 0  91.46666666666667 0
1 39.733333333333334 1 .009 0 0 1 0 39.733333333333334 0
1 14.133333333333333 5 .008 0 1 1 0 14.133333333333333 0
0               56.3 1   .1 0 0 1 1               56.3 0
1               16.9 5  .17 0 1 1 0               16.9 0
1  82.93333333333334 5 .003 0 0 1 0  82.93333333333334 0
1 40.666666666666664 1 .008 0 0 1 0 40.666666666666664 0
0 19.433333333333334 5  .09 0 1 1 1 19.433333333333334 0
1 16.233333333333334 1 .008 0 0 1 0 16.233333333333334 0
1  43.46666666666667 1 .003 0 0 1 0  43.46666666666667 0
end

Thanks in advance!

[Felix Bittmann]

For the stcox this is easy:

stcox RM2 i.ISUP psa12 LYM, vce(bootstrap, reps(500) seed(123))

What other commands are you using?

[Leandro Blas]

Dear Felix, Thank you so much for your help!
Do you know how may I perform a calibration plot? Something like the pmcalplot command for logistic regression, but for cox models?

[Rich Goldstein]

since -pmcalplot- has options specifically for cox models, your question is more than a bit unclear - what do you want that is not in -pmcalplot-?

[Leandro Blas]

Dear Rich, thank you for your answer. Sorry that my post was unclear. I was trying to do a calibration plot of the nomogram generated by the cox model ( attached performed in R), and a time-dependent ROC.

[Nick Cox]

:@Lean Bias If that's your real name, there will be some wry humour at your expense in any statistical group.

But I guess otherwise. Please note our explicit request to use full real names here.

https://www.statalist.org/forums/help#realnames

[Leandro Blas]

Dear Nick, it is not lean bias is Leandro BLAS. Sorry for the misunderstanding. I have sent an e -mail to the administrator to change it.

[Nick Cox]

Thanks for the explanation and sorry for misreading your name.